新疆維吾爾自治區煙草專賣局、新疆維吾爾自治區煙草公司成立于1986年。新疆煙草實行“一套機構、兩塊牌子”的管理體制，公司接受新疆維吾爾自治區煙草專賣局的專賣管理和執法監督，企業性質為國有獨資，企業注冊資本為人民幣44283.37萬元。新疆區公司下轄烏魯木齊市、昌吉回族自治州、博爾塔拉蒙古自治州、伊犁哈薩克自治州、克拉瑪依市、塔城地區、阿勒泰地區、吐魯番市、哈密市、巴音郭楞蒙古自治州、阿克蘇地區、喀什地區、和田地區煙草公司13個全資子公司，以及新疆煙草進出口有限責任公司1個專業子公司。新疆區局（公司）機關內設12個職能處室、4個專業部門。截至2020年11月底，總資產89.79億元，其中，固定資產6.19億元、流動資產79.91億元，資產負債率6.87%，從業人員2649人。 

新疆區局（公司）在國家煙草專賣局、中國煙草總公司的領導下，監督、檢查《中華人民共和國煙草專賣法》及《中華人民共和國煙草專賣法實施條例》及國家局有關政策規定在全區的執行情況；依法辦理煙草專賣許可證、準運證，做好證件管理工作；依法組織、指導所屬企業從事煙草專賣品的生產經營活動；依法對全區煙草系統工商企業從事煙草專賣品的生產經營活動進行專賣管理和執法監督，打擊制假售假、走私販私煙草制品的不法行為，為合法的生產經營活動提供保障和服務，積極維護國家利益和消費者利益，接受人民政府和社會公眾的監督，承擔社會責任。